通過Discovery Studio軟件設計指導了變構肽配體（Altered peptide ligands，APLs）用於治療I型糖尿病。
I型糖尿病在人類和非肥胖糖尿病小鼠中均是一種自身免疫系統缺陷的疾病，有研究表明其主要由於CD8+ T細胞介導的β細胞損傷，使之不能正常分泌胰島素。變構肽配體（Altered peptide ligands，APLs）可以有效抑制抗原-特異性T細胞失效，凋亡或轉移。因此開發有效的APLs用於I型糖尿病的治療很有必要。本文通過分子模擬技術對變構肽配體進行了設計和優化。
文章作者基於已知的變構肽配體與受體的複合物結構，首先通過Discovery Studio突變了複合物結構中的關鍵氨基酸殘基，確定了變構肽的關鍵改造位置，並設計了8個變構肽配體。然後結合DS_Loop refinement和分子動力學程序Standard Dynamics Cascade對8個變構肽配體的複合物進行了結構模擬和優化，並基於MM-PBSA方法預測了它們與受體之間的結合能，根據預測結果（表1）選擇其中四個肽進行了合成和生物活性測試，其中變構肽H6F活性較好。針對H6F進行了後續的試驗研究，試驗結果表明變構肽配體H6F有希望成為一個治療I類糖尿病的藥物。
